一、Dnastar 中的protean图 怎么解释啊
主要分为一下几个部分:
二级结构—— Garnier-Robson——计算特定氨基酸残基在特定结构内部的可能性。
二级结构—— Chou-Fasman——通过序列氨基酸残基的晶体结构来预测蛋白质二级结构
Hydropathy- Kyte-Doolittle-根据序列的氨基酸组成预测蛋白质的疏水区和亲水区
Antigenicity- Jameson-Wolf-通过联合现有的蛋白质结构预测方法预测潜在的蛋白质抗原决定簇
表面可能性- Emini-预测特定区域位于蛋白质的表面的可能性
柔韧性- Karplus-Schulz-预测蛋白质骨架区的柔韧性
二、来一份dnastar lasergene破解版
前言:此版本的软件安装包附加破解教程我可以给您一份,不过仅供个人使用,切勿传播,希望可以帮助您
(1)软件安装包:点击下载dnastar lasergene破解版
破解教程
1、首先要安装软件,软件安装好之后,在开始菜单中搜索license manager
2、然后输入产品密钥:www.xue51.com,再点击authorize
3、弹出一个误差窗口,大致意思就是说刚才输入的注册码无效,点确定
4、再点击manual按钮
5、找到下载文件夹中的LG7.license文件,并且用记事本打开
6、将记事本内的所有内容粘贴到注册窗口中
7、注册信息随意填写都可以
三、dnastar怎么构建分子进化树
一、获取不同物种的细胞色素C氨基酸
首先来到美国国家生物信息中心。先把搜索框左侧的一个写着“All Databases”的下拉框中选定“Protein”,再搜索“Cytochrome C”。
这时候就有了4,530,523条结果,全是物种的细胞色素C氨基酸。每一条结果中“[]”的内容就是这个物种的学名,下面的“… aa protein”就代表有多少个氨基酸。这里以智人(Homo sapiens)为例:
打开网页后直接拉到底,“ORGIN”中的内容就是智人的细胞色素C氨基酸了。
然后去掉最左边的行数,最终就
我也恰好正在构建一个进化树(无动机,纯属没事闲的),就顺便把其它一些物种的氨基酸放在这里供参考吧:
蔷薇双壳菌(Diplocarpon rosae)
二、把这些氨基酸导入DNAStar
据说DNAStar这款软件已经落伍了,但我暂时不会别的软件,不好意思……
打开DNAStar中的“SeqBuilder”,在菜单中选择“File> New Protein”创建一个新蛋白质。
后把刚刚的那个序列复制粘贴进去,再另存为就好了。
三、构建进化树
再打开DNAStar中的“Megalign”,把刚刚那些蛋白质直接拖进去,界面差不多是这样的:
然后为了搞清不同物种间细胞色素C氨基酸的差异,从而确定物种间的亲缘关系,我们首先需要把它们进行对齐。在菜单中选择“Align”,下面有3个对齐方法,任意选择一个进行对齐即可。
对齐中
这时就能构建进化树了。在菜单中选择“View> Phylogenetic Tree”,就可以显示进化树了。
这个进化树看起来还是挺靠谱的